En una noche de tormenta, la Princesa Zelda y las doncellas del santuario convocan a Link para que acuda al Castillo de Hyrule y las proteja de Vaati, mientras abren el portal del santuario en donde se encuentra la legendaria Espada Cuádruple. Al momento de abrirlo, surge una silueta oscura similar a Link, llamada Link Oscuro, quien secuestra a las doncellas. Con el objetivo de frustrar los oscuros propósitos del demonio Vaati, Link debe recurrir al legendario poder de la espada. Separado en cuatro copias casi idénticas de sí mismo, Link vuelve a aventurarse en tierras repletas de enemigos y calabozos llenos de puzzles en una perspectiva aérea