Link es un joven granjero quien vive en una apacible aldea campestre. Un día, el alcalde le encomienda asistir a Hyrule para llevar un obsequio a la Familia Real. El día de su partida, la aldea es atacada por criaturas que secuestran a los niños del pueblo. Sintiéndose comprometido a rescatarlos, Link sigue a los monstruos hasta el interior de un bosque, pero cae desmayado al transformarse en un lobo. Al despertar, se encuentra prisionero en unos calabozos, y se le aparece Midna, una extraña criatura. Ella promete liberarlo de su prisión y, explicándole que Hyrule se está fusionando con el Reino Crepuscular por obra de Zant, Rey del Crepúsculo, ambos se aventuran a restablecer la paz y la armonía en un territorio sumido en la obscuridad total.