Siendo apenas un niño, Link es engañado por Ganondorf, el rey de los Gerudo, quien lo ha usado durante largo tiempo como principal recurso para introducirse en el Reino Sagrado, lugar en donde se encuentra guardada la Trifuerza. Al llegar al reino, Ganondorf toca con sus manos ésta y transforma al reino en un lugar desierto y oscuro. Link debe solucionar esta grave situación, y con la ayuda de Rauru debe viajar a través del tiempo con el fin de obtener los poderes de los Siete Sabios (Saria, Ruto, Darunia, Impa y Nabooru, junto con Rauru y Zelda)