La hermana de Link ha sido secuestrada por un enorme pájaro. Para encontrarla, Link se aventura en una travesía en medio de islas rodeadas por un gran océano, el mismo que resultó tras una inundación que anegó Hyrule para evitar que Ganondorf invadiera el reino en ausencia de Link. Esta vez, Link debe controlar la dirección del viento con ayuda de la batuta de los vientos para poder viajar a través de las islas y completar su misión principal